O Conselho Superior, órgão máximo de natureza deliberativa, normativa, consultiva e recursal, é constituído pelo Diretor Geral, seu presidente; pelo Coordenador da CPAI; pelos Diretores Acadêmico e Administrativo-Financeiro; pelos Coordenadores de Área; pelos Coordenadores de Cursos; por um representante dos docentes de cada curso; por um representante discente; por um representante da comunidade; por um representante da Entidade Mantenedora e pelo Secretário-Geral, como secretário do colegiado.
É de competência do Conselho Superior zelar pelos objetivos institucionais do IMES; propor alterações e emendas a este Regimento, quando se fizer necessário; elaborar e aprovar, nos termos da legislação, as normas acadêmicas que regerão as atividades de ensino, pesquisa e extensão do IMES; regulamentar, por meio de resoluções, os atos normativos internos e os decorrentes das competências regimentais; apresentar à Entidade Mantenedora o projeto de orçamento para o ano seguinte, no prazo estipulado em calendário; aprovar, em grau de recurso, os processos que lhe forem encaminhados pela Diretoria Geral; deliberar sobre matérias que envolvam alterações de receitas ou despesas não previstas no orçamento anual, sujeitas à aprovação pela Entidade Mantenedora; aprovar os currículos plenos dos cursos e suas alterações, decidindo as questões sobre a sua aplicabilidade, após parecer favorável da Entidade Mantenedora, submetendo-os depois à apreciação e aprovação dos órgãos competentes, conforme legislação em vigor; apreciar e aprovar a outorga de títulos honoríficos ou de benemerência; aprovar a prestação de contas e o relatório da atuação acadêmica ao fim de cada ano civil; aprovar normas complementares à legislação sobre currículos plenos, planos de cursos, programas e planos de ensino de disciplinas, matrículas, transferências, processo de ensino e aprendizagem, avaliação de desempenho, aproveitamento de estudos, programas de pesquisa e extensão, processo seletivo e de outros assuntos que se incluam no âmbito das suas demais competências; aprovar os regulamentos dos órgãos internos, ouvida a Entidade Mantenedora; apurar responsabilidades de Coordenadores de Cursos quando, por omissão ou tolerância, permitirem ou favorecerem o não cumprimento da legislação, deste Regimento, de regulamentos ou de outras normas internas complementares; deliberar sobre providências destinadas a prevenir ou corrigir atos de indisciplina coletiva; aprovar, ouvida a Entidade Mantenedora, acordos, contratos ou convênios com organizações públicas ou privadas, nacionais ou estrangeiras, para a consecução de seus objetivos institucionais; intervir, esgotadas as vias ordinárias, nos demais órgãos internos do IMES, avocando a si as atribuições a eles conferidas; decretar o recesso parcial ou total das atividades escolares de cada curso, ou de todos; interpretar o presente Regimento e resolver os casos omissos, ouvido o órgão interessado e exercer as demais atribuições que lhe estejam afetas pela sua natureza ou por delegação da Entidade Mantenedora.